Добрый день!
При осуществлении розничной торговли через сайт система налогообложения в виде ЕНВД не применяется. Это вытекает из определения розничной торговли, которое используется в целях ЕНВД (ст. 346.27 НК РФ):
Цитата:розничная торговля- предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами (в том числе за наличный расчет, а также с использованием платежных карт) на основе договоров розничной купли-продажи.К данному виду предпринимательской деятельности не относится реализацияподакцизных товаров, указанных в подпунктах 6 - 10 пункта 1 статьи 181 настоящего Кодекса, продуктов питания и напитков, в том числе алкогольных, как в упаковке и расфасовке изготовителя, так и без такой упаковки и расфасовки, в барах, ресторанах, кафе и других объектах организации общественного питания, невостребованных вещей в ломбардах, газа, грузовых и специальных автомобилей, прицепов, полуприцепов, прицепов-роспусков, автобусов любых типов,товаров по образцам и каталогам вне стационарной торговой сети(в том числе в виде почтовых отправлений (посылочная торговля), а такжечерезтелемагазины, телефонную связь и компьютерные сети), передача лекарственных препаратов по льготным (бесплатным) рецептам, а также продукции собственного производства (изготовления).Реализация через торговые автоматы товаров и (или) продукции общественного питания, изготовленной в этих торговых автоматах, относится в целях настоящей главы к розничной торговле
В вашем случае доходы от заказов, оформленных через сайт, следует облагать по иной системе налогообложения.